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布加替尼是怎样与ALK结合的？探索布加替尼怎样稳定耐克唑替尼-ALK突变的构象动力学的结合布加替尼和克唑替尼之间的模式与WT ALK分析分歧。从中能够明显看出，与WT ALK-克唑替尼相比，WT ALK-布加替尼复合物的结合自由能提高4.16 kcal / mol，表明布加替尼与WT ALK的互相作用比克唑替尼更强。
布加替尼和克唑替尼都显示与ATP口袋中的疏水残基Leu1122，Val1130，Leu1198，Met1199，Gly1202和Leu1256强烈互相作用。同时，尽管亲水残基Lys1150和Asp1203对布加替尼表现出强大的自由能贡献，但它们并未赋予良好的结合亲和力。Met1199的关键残基通过与布加替尼中的2-氨基嘧啶骨架形成两个氢键而发挥锚基作用，以适应基本的结合模式。
但是，克唑替尼和WT ALK之间存在三个氢键，而高能贡献来自残基Glu1197到WT ALK。布加替尼-ALK和克唑替尼-ALK之间的结合亲和力的具体差异，非极性互相作用是药品结合的主要力量，并为布加替尼结合贡献更强的能量。对WT ALK-布加替尼的极大延长的有利贡献来自残基Leu1122，Val1130，Gly1202，Ser1206和Arg1209。
在包括残基Leu1122和Val1130在内的P环区域，布加替尼表现出比克唑替尼强得多的抑制活性。残基Gly1202，Ser1206和Arg1209对哌嗪部分具有很高的非极性和范德华贡献。残基Lys1150，Glu1197和Asp1203对布加替尼的亲和力不强，但在区分布加替尼和克唑替尼的生物活性中起关键作用。布加替尼中的二甲基氧化膦部分是一个酸基，由于强的不利的极性互相作用，其不与亲水性残基Lys1150和Asp1203形成氢键。但是，残基Glu1197与克唑替尼的氨基形成氢键，极性互相作用良好。
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